Da decenni l'intera parete occidentale della cattedrale prospiciente il mare da decenni è stata trasformata in un orinatoio a cielo aperto, facilmente distinguibile per le grosse chiazze nere negli angoli del fabbricato.
L'aiuola nei pressi della zona absidale spesso e volentieri è tutto incolta e piena di rifiuti. E, tutto intorno al tempio, la pulizia non è per nulla irreprensibile e, sovente, ci si imbatte in scene di degrado di ogni tipo.
L'episodio più grave, in ogni caso, accadde il 18 luglio 2006 quando di notte uno dei due leoni stilofori collocati accanto alla porta della basilica fu letteralmente mozzato durante un raid vandalico di cui non si accertarono mai le responsabilità.
Il 18 marzo 2012, poi, il risveglio al mattino fu accompagnato dalla scoperta di scritte rilasciate con lo spray negli stessi luoghi oggi imbrattati con cibo e residui organici.
Stesso scenario, fino a qualche anno fa, davanti all'ingresso della sinagoga Scolanova. Si è interrotto soltanto quando la comunità ebraica ha chiesto e ottenuto dalla Soprintendenza l'installazione di un cancelletto per inibire l'utilizzo della scalinata quando il tempo è chiuso.
Il 19 giugno 2013 il sindaco uscente, Luigi Riserbato, emanò un provvedimento che vietava, al termine dei matrimoni in cattedrale, i festeggiamenti per gli sposi in uscita con petali di rose, coriandoli ed altri oggetti sintetici esplosi da tubi a pressione.
Infatti, secondo quanto segnalato dalla Soprintendenza al rettore della cattedrale, don Nicola Maria Napolitano, la pietra di Trani di cui essa è formata, essendo porosa, avrebbe già subito danni da questi prodotti che, pertanto, da quel momento in poi venivano banditi anche a suon di multe, da 25 a 500 euro.
