Nel 1480 Trani subì tre attacchi da parte dei pirati turchi, che distrussero e rubarono tutto ciò che prendevano di mira. Durante il primo non fu risparmiato neanche il monastero di Colonna, saccheggiato e dato alle fiamme. Lì era custodito un crocifisso, in legno e poche decorazioni in argento. I pirati, notandolo, lo asportarono quale trofeo di quel ricco bottino e lo caricarono sulla loro nave, tenendosi pronti a salpare per mettersi in fuga.
La nave, tuttavia, non voleva saperne di ripartire e così il capo dei pirati, Dulcinio, attribuendo ogni colpa al crocifisso, sguainò la sciabola e, con un colpo deciso, sfregiò il crocifisso sul volto e lo gettò in mare. Il veliero riuscì a salpare mentre il crocifisso, in balia delle onde, galleggiava mentre sul volto cominciò a fuoriuscire del sangue.
Condotto dalle correnti a riva, il crocifisso fu ritrovato dai frati e da alcuni pescatori, che lo raccolsero devotamente e, visto lo sfregio sul volto, decisero di organizzare una processione riparatrice all'atto brutale dei pirati.
Molto tempo dopo, dove fu ritrovato il crocifisso, fu eretta una cappella che, tuttora, si può ammirare sul lungomare, a ricordo di quell'evento miracoloso che ha segnato la città di Trani. Il monastero fu poi ristrutturato e, al crocifisso, fu riservato un altare privilegiato. Da allora il 3 maggio di ogni anno si festeggia il Santissimo Crocifisso di Colonna.
Trasportato per mare, da Colonna al porto, il crocifisso viene poi condotto in processione verso una chiesa parrocchiale, di volta in volta diversa, in cui viene esposto alla venerazione dei fedeli per sei giorni. Al termine di tale periodo, viene ricondotto in processione al santuario di Santa Maria di Colonna. Il corteo si chiama «Via lucis» e si svolge al tramonto, con il prevalente accompagnamento di lanterne e candele.
Quella del Crocifisso di Colonna è la prima festa patronale dell’anno a Trani. La seconda, che si celebra fra la fine di luglio e l’inizio di agosto, è dedicata proprio al protettore della città, San Nicola il Pellegrino.